Bom dia Antonio
Nestes casos você deve calcular e recolher o ICMS ST, utilizando o CFOP 6404, vou fazer a demosntração do calculo com valores ficticios.
Valor da mercadoria 1.000,00
Aliquota Interestadual 12%
MVA ( Margem de lucro ) 50%
Aliquota Interna Estado do Destinatario 12%
1.000,00 x 12% = 120,00 ICMS a deduzir
1.000,00 x 50% = 500,00
1.000,00 + 500,00 = 1.500,00 ( Base de Calculo Icms St )
1.500,00 x 12% = 180,00 ( valor ICMS ST )
180,00 - 120,00 = 60,00 ( Valor do ICMS ST a recolher ).
Obs : Na hipótese de entrada de mercadoria proveniente de outra unidade da Federação cuja saída interna seja tributada com alíquota superior a 12% (doze por cento), o estabelecimento destinatário paulista deverá utilizar o“IVA-ST ajustado”
Se tiver mais duvidas pode me enviar um emaill @Oculto