Caro Amigo,
Vamos ver se entendi, pois na mesma pergunta vc quer emitir notas de serviços e de mercadorias~?
Para a emissao de Nota Fiscal de Serviços, voce deverá procurar a Prefeitura de seu municipio, onde sua empresa esteja constituída, requerer a senha on line para emissão da NF-E de Serviços, onde através do portal próprio voce poderá emitir suas notas de Prestação de Serviços.
Com Relação as Notas Fiscais de Mercadorias, até o presente momento não existe a obrigatoriedade para emissão de nota Fiscal Eletronica para o Micro Empreededor Individual. No entanto voce deverá ter atributos para solicitar a AIDF por meio dos Serviços Eletronicos do Posto Fiscal Eletronico.
Portanto, voce deverá comparecer até a SEFAZ munido dos documentos como CNPJ, e CADESP junto com o requerimento de senha On Line que poderá ser obtido na site daquele Órgão.
Importante se faz, de que a solicitante seja o próprio empresário, para a confirmação da autenticidade da veracidade da assinatura no ato da solicitação junto ao funcionário do Posto Fiscal, pois como é sábido o Micro Empreendedor Individual não possui Requerimento de Empresário e nem contrato social, porfim, um documento com foto e assinatura deverá ser apresentado para confirmar a referida assinatura.
Caso tenha mais alguma duvída estaremos a disposição!