Bom dia Priscila!
Desde que o CT-e em questão seja emitido antes do início da prestação do serviço, conforme determina o Art. 152 do RICMS/SP, não há nenhum problema fiscal, pois a regra para emisssão de CT-e é a mesma do CTRC.
Artigo 152 - O Conhecimento de Transporte Rodoviário de Cargas, modelo 8, será emitido antes do início da prestação do serviço por transportador, sempre que executar serviço de transporte rodoviário interestadual ou intermunicipal de carga, e conterá as seguintes indicações (Lei 6.374/89, art. 67, § 1º, e Convênio SINIEF-6/89, arts. 16, 17, "caput", este com a alteração do Ajuste SINIEF-8/89, cláusula primeira, I, e §§ 1º e 2º, e art. 18, com a alteração do Ajuste SINIEF-1/89, cláusula terceira):
Lembrando que o DACTE, obrigatoriamente deve acompanhar a carga durante o transporte, conforme determina a Cláusula décima primeira do Ajuste SINIEF 09/2007.
Cláusula décima primeira Fica instituído o Documento Auxiliar do CT-e - DACTE, conforme leiaute estabelecido em Ato COTEPE, para acompanhar a carga durante o transporte ou para facilitar a consulta do CT-e, prevista na cláusula décima oitava.