ST e Dif Aliq para Imunes e Isentas

Faço a contabilidade de uma empresa imune/isenta (IGREJA) e a mesma comprou uma mercadoria (ATIVO - guitarra) de fora do estado que é sujeita a substituição tributária e diferencial de aliquota, a igreja tem q recolher esse tributo também?

Débora,
a diferença de alíquota SIM, deve haver o recolhimento junto a SEFAZ de destino, pois a cobrança só é indevida em alguns casos.
O ideal é você consultar o regulamento de ICMS do seu estado, pois deve haver a lei sobre o assunto.
No Amazonas não se recolhe a diferença de alíquota para os casos de:

Art. 4° O imposto não incide sobre:

I - operações com livros, jornais, periódicos e o papel destinado a sua impressão;

II - operações e prestações que destinem ao exterior mercadorias, inclusive produtos primários e produtos industrializados semi-elaborados, ou serviços;

III - operações interestaduais relativas a energia elétrica e petróleo, inclusive lubrificantes e combustíveis líquidos e gasosos dele derivados, quando destinados a industrialização ou a comercialização;

IV - operações com ouro, quando definido em lei como ativo financeiro ou instrumento cambial;

V - operações relativas a mercadorias que tenham sido ou que se destinem a ser utilizadas na prestação, pelo próprio autor da saída, de serviço de qualquer natureza definido em lei complementar como sujeito ao imposto sobre serviços, de competência dos Municípios, ressalvadas as hipóteses previstas na mesma lei complementar;

VI - operações de qualquer natureza decorrentes da transferência de propriedade de estabelecimento industrial, comercial ou de outra espécie;

VII - operações decorrentes de alienação fiduciária em garantia, inclusive a efetuada pelo credor em decorrência do inadimplemento do devedor;

VIII - operações de arrendamento mercantil decorrente de contrato celebrado no território nacional, não compreendida a venda do bem arrendado ao arrendatário;

IX - operações de qualquer natureza decorrentes da transferência de bens móveis salvados de sinistro para companhias seguradoras;

Mesmo para Imunes ou Isentas?

Desculpe me confundi nas salas.

E sobre a Substituição tributária? Pois instrumentos musicais é sujeito a instrumentos musicais. A minha dúvida se resume ao fato de que a igreja é imune, não tem inscrição estadual, mesmo assim quando ela compra um "instrumento musical" de uma empresa de fora do estado ela paga o diferencial de aliquota e a substituição tributária?

Obrigada pela ajuda.