Genildo, boa noite.
É verdade quando voce afirma que nem sempre o comerciante de alguns segmentos não emite documento fiscal no ato da efetiva saída do produto, especialmente os por voce relacionados.
Como a empresa terá que justificar recursos suficientes para bancar as despesas fixas e variáveis, não há contabilidade que consiga executar os fechamentos se não houver sobras de recursos, ou seja, vender mais que gastar.
Não fugindo dessa realidade, concordo com a Taciane. No final do dia emita as notas fiscais dos produtos vendidos, seja por ECF, caso a legislação o obrigue a utilizá-lo, seja através do bloco de nota fiscal.
Só não deixe de emitir notas fiscais diariamente das mercadorias vendidas, e da mesma forma, mantenha controle do movimento de caixa, também diariamente.
Dessa forma, o faturamento da empresa justificar-se-à pela emissão dos documentos fiscais de venda.
Att
Hugo.