Bom dia Marcio,
Segundo entendimento da Resposta à Consulta nº 549/1999 aqui de SP-
Se ao resíduo(lixo) for dado algum valor, deve emitir nota fiscal de saída.
" Caso contrário para o transporte sugerimos que o façam acompanhar de documento interno da empresa com informações sobre os locais de origem e destino, omaterial o transportador e a empresa emitente, sendo conveniente também que uma via desse documento permaneça à disposição do fisco."Esse procedimento é recomendado pois lixo não tem carater de mercadoria,coisa sem valor,sendo assim não submete-se ao fato gerador à que a legislação tributária se refere.
Verifica se não tem alguma resposta à consulta nessa condição aí no seu estado.
Caso emita NF- não localizei norma específica para o caso, mas acredito qie será o CFOP 5.949- Outras saídas.
Espero ter ajudado.