Débora Michelly Ribeiro Pavim,
Veja o que diz no RICMS / SP:
Art. 264 - Salvo disposição em contrário, não se inclui na sujeição passiva por substituição, subordinando-se às normas comuns da legislação, a saída, promovida por estabelecimento responsável pela retenção do imposto, de mercadoria destinada a (Lei 6.374/89, artigo 66-F, I, na redação da Lei 9.176/95, artigo 3º, e Convênio ICMS-81/93, cláusula quinta):
I - integração ou consumo em processo de industrialização;
II - estabelecimento paulista, quando a operação subseqüente estiver amparada por isenção ou não-incidência;
Entendo que a matéria prima por você adquirida, não pode ser feita a retenção do ICMS, devendo ser destacado o ICMS Próprio normalmente.