Boa tarde Juliana
A operação deixou de ser tributada, é isso? Vc menciona: deixou de seguir, tributada normalmente.
O crédito nas operações de transporte ocorre somente se o transporte estiver vinculado a uma operação tributada.
Artigo 61 - Para a compensação, será assegurado ao contribuinte, salvo disposição em contrário, o direito de creditar-se do imposto anteriormente cobrado, nos termos do item 2 do § 1º do artigo 59, relativamente a mercadoria entrada, real ou simbolicamente, em seu estabelecimento, ou a serviço a ele prestado, em razão de operações ou prestações regulares e tributadas (Lei 6.374/89, art. 38, alterado pela Lei 10.619/00, art. 1º, XIX; Lei Complementar federal 87/96, art. 20, § 5º, na redação da Lei Complementar 102/00, art. 1º; Convênio ICMS-54/00).