duvidas - serviços de transportes rodoviarios

Ola, tenho uma duvida temos um cliente prestador de serviço de transporte cujo o cnae dele segue: "49.30-2-02 - Transporte rodoviário de carga, exceto produtos perigosos e mudanças, intermunicipal, interestadual e internacional".

ele nao emite nf de serviço, pois por enquanto ele presta serviço apenas para BUNGE e ADM, e o cliente me explicou que essas empresa nao paga eles atraves de notas fiscais e sim através de um cartão magnético e tambem a empresa (Bunge ou ADM) emite uma NF que segue com o motorista e nesta NF consta a carga e ja consta tambem a prestadora de serviços que no caso seja a empresa dele, a SEFAZ do meu estado me orientou que eu poderia apura o imposto dele atraves da somatoria do serviço dele constado nestas NF, ai acontece o seguinte para o municipio nao ta informando nada, pois nao estou lançado serviço dele na DEMMs e nem em programa contabil, a minha duvida é se esta normal isto, ou ta errado?

Marcos, bom dia!

Sugiro que você descreva sua dúvida de forma mais detalhada, pois não está muito clara. Aqui em SP, nas operações de transporte só há dispensa de emissão de CTRC (transporte intermunicipal ou interestadual), em caso de subcontratação.
Qualquer ingresso de receita deve ser documentado. Se o serviço de transporte é estritamente municipal deve se emitir a nF de serviço tributando o ISS devido.
Espero ter ajudado.

simone, entao no caso desse nosso cliente ele é subcontratado por estas duas empresas.