Bom dia Juliana
O Protocolo 21/2011 trata das vendas não presenciais, por ex., vendas pela internet. Neste caso você realmente deve recolher o diferencial de alíquota para o Estado destinatário.
Só a título de comentário. Minha empresa não faz venda não presencial, vendemos para toda a região, sul, sudeste e nordeste. Temos representantes nestas regiões que colhem os pedidos diretamente nas dependências comerciais de nossos clientes. Recentemente efetuamos uma venda para um consumidor final no Estado do Mato Grosso. Nossos produtos estão no regime da ST. E por se tratar de consumidor final, não aplicamos a ST, efetuamos uma venda "normal" tributando o ICMS e o IPI. Na barreira fiscal, o auditor entendeu que deveríamos ter aplicado o Protocolo 21/2011, mesmo provando que nossa empresa não faz venda virtual, tivemos que recolher o diferencial de alíquota inclusive com multa de 50%.
Então veja se é o seu caso, se sua venda for virtual (que é o que trata o Protocolo 21/2011) você deve recolher o diferencial para o Estado destinatário.
No nosso caso, mesmo não sendo venda virtual, ficamos nas mãos do auditor fiscal da barreira que aplicou o Protocolo. Agora entramos com ação no Estado para recuperar o valor recolhido. Como sempre "sobra" para o contribuinte.