Boa tarde Renata,
A regulamentação que trata da anulação é especifica ao determinar que Tomador do serviço deve emitir a nota fiscal.
Recentemente dirigimos essa pergunta ao Plantão Fiscal da Secretaria da Fazenda aqui do PR e a orientação é que o CTRC não deve ser anulado se não for possível cumprir rigorosamente o que determina o Art.58-C do Ajuste SINIEF 2/2008, ou no seu caso o art.206-B RICMS/SP.
"Para a anulação de valores relativos à prestação de serviço de transporte de cargas, em virtude de erro devidamente comprovado como exigido em cada unidade federada, e desde que não descaracterize a prestação, deverá ser observado:
I - na hipótese de o tomador de serviço ser contribuinte do ICMS:
a) o tomador deverá emitir documento fiscal próprio, pelo valor total do serviço, sem destaque do imposto, consignando como natureza da operação "Anulação de valor relativo à aquisição de serviço de transporte", informando o número do documento fiscal emitido com erro, os valores anulados e o motivo, devendo a primeira via do documento ser enviada ao prestador de serviço de transporte;
b) após receber o documento referido na alínea "a", o prestador de serviço de transporte deverá emitir outro Conhecimento de Transporte, referenciando o documento original emitido com erro, consignando a expressão "Este documento está vinculado ao documento fiscal número ... e data ... em virtude de (especificar o motivo do erro)", devendo observar as disposições deste convênio;"
atenciosamente,
Éris