Carlos, boa tarde!
Não há o que se falar em recolhimento de diferencial de alíquotas em operações em que o imposto já tenha sido recolhido antecipadamente por meio de substituição tributária, pois nesse caso o valor referente ao diferencial já foi engoblado, como esclarecido no "Comunicado CAT - 26, de 18/04/2008 - (DOE 19/04/2008)."
Na STDA, devem ser preenchidos:
No primeiro quadro: o valor do ICMS devido em todas as operações sujeitas ao Diferencial de
Alíquota
No segundo quadro: o valor do ICMS devido antecipadamente
nas operações sujeitas à Antecipação Tributária na entrada do Território Paulista, inclusive no caso
do recolhimento antecipado ter sido feito pelo outro Estado em favor do Estado de São Paulo por
GNRE.
No terceiro quadro: o valor do ICMS devido por Substituição Tributária
em operações internas em São Paulo.
Portanto, o preenchimento quando a mercadoria vier de outro estado com antecipação tributária será feito no segundo quadro e não no primeiro.
Espero ter ajudado.
Att.
Adriano