Danielle,
para empresas que não são do simples nacional, pelo que eu sei é feito na apuração do ICMS, no livro de registro.
Abaixo uma informação que tirei nesse link
4.1 Forma de Pagamento do Diferencial de Alíquotas
Nas hipóteses em que a operação ou prestação estiver sujeita ao diferencial de alíquotas, sendo a alíquota interna superior à interestadual, o contribuinte deverá escriturar no livro Registro de Apuração do ICMS, no período em que a mercadoria tiver entrado ou tiver sido tomado o serviço:
a) como crédito, no quadro "Crédito do Imposto - Outros Créditos", com a expressão "Inciso I do Art. 117 do RICMS", o valor do imposto pago em outro Estado, relativo à respectiva operação ou prestação;
b) como débito, no quadro "Débito do Imposto - Outros Débitos", com a expressão "Inciso II do Art. 117 do RICMS", o valor do imposto decorrente da aplicação da alíquota interna sobre a base de cálculo correspondente à operação ou prestação de que decorreu a entrada.
Mencionada forma de pagamento é denominada "conta gráfica", vez que o contribuinte recolherá o imposto devido por meio de lançamentos fiscais e não será necessário pagamento por meio de guia de recolhimento diversa da utilizada para o recolhimento do ICMS "normal" (decorrente do confronto entre créditos e débitos do ICMS relativo a determinado período).