Paulo, boa noite!
Realmente acredito que o problema foi esse mesmo que você constatou, no entanto, o procedimento correto na migração da versão 1.0 para a versão 2.0 deveria ter sido feita dando sequência na numeração, ou seja, se emitiu até a nota fiscal 30 na versão 1.0, deveria ter iniciado com a Nota Fiscal 31 na versão 2.0, pois apesar de serem versões diferentes o sistema de emissão é o mesmo, ou até mesmo deveria ter sido iniciada uma nova série de Notas Fiscais, daí sim iniciando novamente do n° 1.
Mas com as atualizações do Emissor de Notas Fiscais da Secretaria da Fazenda, o emissor está reconhecendo que determinada Nota Fiscal já foi autorizada, gerando a mensagem de duplicidade.
Como você exemplificou acima, você já emitiu algumas Notas em duplicidade (lembrando que pra haver duplicidade a série da Nota Fiscal também tem que ser a mesma), nesse caso, você terá que anotar o fato ocorrido no livro de ocorrências da empresa, mas aconselho que procure o Posto Fiscal de sua cidade ou região para melhor orientação sobre o assunto, ok?
Att.
Adriano