Selma,
Primeiramente precisamos analisar o seguinte:
Se a empresa do S.N estiver adquirindo mercadoria de outro Estado para consumo, não haver substituição tributária, sendo devido o diferencial, isso se existir diferença entre as alíquotas interestaduais e internas;
Se adquirir para revenda, e a mercadoria estiver na ST, precisará verificar se há acordo firmado entre SP e o Estado de origem da mercadoria para se verificar quem é o responsável pelo recolhimento do imposto, mas independente de quem for o responsável, não haverá incidência do Diferencial de alíquota, sendo devido apenas a ST.
Quanto ao CFOP, neste caso será o 5.405.