Tributos com ICMS Lucro Presumido

Amigo, boa tarde!
Não sei se poderei te ajudar uma vez que o ICMS é um imposto estadual e é regulamentado pelas leis dos respectivos estados, mas vamos tentar.

Recomendo, primeiramente que você procure na legislação do seu estado se o produtos em questão está sujeitos a substituição tributária. Como você mesmo disse, toda a produção e comercialização será dentro do estado, não há o que se preocupar com os convênios das operações interestaduais (isso já dá uma aliviada boa).
Se o produto dessa empresa estiver sujeito a substituição tributária na própria lei estará indicado o MVA (Margem de valor agregado) uma espécie de percentual de valorização do produto.
Assim, o cálculo do ICMS ST é a aplicação da alíquota do ICMS sobre o valor da mercadoria mais o MVA.

Caso não exista a incidência da ST neste produto o processo será mais simples, o ICMS das saídas menos o ICMS da entrada = ICMS a pagar ou recuperar

Você ainda precisa saber a destinação do produto, se a mercadoria for utilizada para consumo ou integrar o imobilizado o IPI integrará a base de cálculo do ICMS.

A forma de tributação do lucro não interfere na apuração do ICMS.
Desculpe, isso é válido para o meu estado, não sei qual o tratamento dado ai.

Encontrei um modelo aqui no fórum.
Exemplificação: Operação realizada por fabricante cujo valor da venda é de R$ 1.000,00 e com IPI calculado a uma alíquota de 15%, teremos:
ICMS da operação própria - R$ 1.000,00 x 18% = R$ 180,00
Base cálculo da ST - R$ 1.000,00 + R$ 150,00 (IPI) + 40% (margem de valor agregado) = R$ 1.610,00
R$ 1.610,00 x 18% = R$ 289,80
Como , de conformidade com o citado, o valor do imposto substituição será a diferença entre o calculado de acordo com o estabelecido no subitem " Base de cálculo" e o devido pela operação normal do estabelecimento que efetuar a substituição tributária, teremos :
R$ 289,80 - R$ 180,00 = R$ 109,80

O total do ICMS a recolher é R$ 289,80, neste caso o IPI integra a base de cálculo do ICMS.