Boa tarde Veronica!
Se sua transportadora está inscrita no Estado de São Paulo e o inicio do frete ocorreu aqui no nosso Estado , voce não recolhe nenhum imposto do icms alem do devido na apuração do das, conforme a instrução do artigo 318-A do Ricms, veja:
RICMS/SP
Artigo 318-A - Na prestação de serviço de transporte rodoviário de bem, mercadoria ou valor, realizada por empresa transportadora estabelecida em território paulista, contribuinte sujeito às normas do Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte - “Simples Nacional”, serão observadas as regras previstas na legislação específica (art. 18, § 5º, VI da Lei Complementar 123/06). (Artigo acrescentado pelo Decreto 52.104, de 29-08-2007; DOE 30-08-2007)
Porem, o mesmo artigo atenta a um detalhe:
Parágrafo único - Nas prestações iniciadas em outro Estado ou no Distrito Federal, deverão ser observadas também as regras das referidas unidades da federação.
Então caso o inicio do transporte seja iniciado em outro Estado, deverá consultar a Legislação do mesmo e verificar quais são os procedimentos .
Certa vez me ocorreu um caso em que o transporte se iniciou em outro Estado , e conforme instrução foi recolhido o icms referente ao frete, mas não pela transportadora e sim quem tomou o serviço.
Fazendo com que no Das para recolhimento do imposto sobre este frete , a transportadora informa-se como seno substituição tributaria do icms, pois o mesmo recolhido por antecipação.
Porem caso essa situação do frete partir de outro Estado ocorra com voce, verifique o procedimento do Estado em questão, pois cada um tem procedimentos diferentes e por isso devem ser consultados.
Basicamente é isso.
Boa sorte!