Valdir,
Conforme o inciso XV-A do artigo 115 do RICMS/2000:
XV-A - na entrada em estabelecimento de contribuinte sujeito às normas do Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte - “Simples Nacional”, até o último dia útil da primeira quinzena do mês subseqüente ao da entrada: (Inciso acrescentado pelo artigo 2º do Decreto 52.104, de 29-08-2007; DOE 30-08-2007)
a) de mercadoria destinada a industrialização ou comercialização, material de uso e consumo ou bem do ativo permanente, remetido por contribuinte localizado em outro Estado ou no Distrito Federal, o valor resultante da multiplicação do percentual correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual pela base de cálculo, quando a alíquota interestadual for inferior à interna (Lei Complementar federal 123/2006, art. 13, § 1°, XIII); (Redação dada à alínea pelo Decreto 52.858, de 02-04-2008; DOE 03-04-2008)
Portanto, acredito que sim, deve-se recolher o diferencial.