Ronaldo,
Neste caso não se aplica a antecipação tributária, pois se trata de mercadoria destinada a uso ou consumo, não havendo operação subsequente para a mercadoria. O que deve ser aplicado é o diferencial de alíquotas previsto no Art. 2º, Inciso XVI do RICMS/SP, conforme segue:
(...)
Artigo 2º - Ocorre o fato gerador do imposto
(...)
XVI - na entrada em estabelecimento de contribuinte sujeito às normas do Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte - “Simples Nacional”, de mercadorias, oriundas de outro Estado ou do Distrito Federal. (Inciso acrescentado pelo Decreto 52.104, de 29-08-2007; DOE 30-08-2007)
(...)
§ 6° - Na hipótese do inciso XVI, o valor do imposto devido será calculado mediante a multiplicação do percentual correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual pela base de cálculo, quando a alíquota interestadual for inferior à interna (Lei Complementar federal 123/2006, art. 13, §1°, XIII). (Redação dada pelo Decreto 52.858, de 02-04-2008; DOE 03-04-2008)
Agora, se houvesse operações subsequentes e considerando as hípoteses que você mencionou acima, não haveria a antecipação e sim a retenção do imposto por parte do remetente, pois foi mencionado que há protocolo de ST.