Como fazer estoque Simples Nacional

Boa tarde caros colegas.
Li a respeito no forum e não consegui sanar minha dúvida. Vamos la!
Tenho empresas do Simples Nacional que são Comércio Varejista, e estou tentando fazer o Balanço de todas. Como vocês sabem as Micro empresas não mandão tudo que deveria ser mandado para o escritório ( se é que vocês me entende!rs) geralmente a contabilidade não retrata o que é a empresa e estou com dúvida como fazer o estoque.
Por regra deveria se levantar o estoque fisicamente na empresa, mas , ocorre uma discrepância absurda. Vou dar um exemplo para ser mais claro.
A empresa X manda NF de entrada para o escritorio, dando um total de R$ 90.000,00 no ano. Seu faturamento é de 180.000,00. M contando fisicamente o estoque dará 250.000,00 em estoque. E agora como faço esse lançamento? Porque o que está na escritá fiscal é completamente diferente do estoque físico.

Nesse caso vc deve manter uma relação de estoque por escrito e assinado pelo cliente para te assegurar de que o problema nao venha pra vc depois. Porem, é preciso verificar o estoque inicial que foi fechado no ano passado para somar ao estoque existente. Caso isso nao tenha acontecido no ano anterior (sem balanço de contabilidade ou sem estoque informado) basta vc colocar no começo do ano um valor de estoque inicial que vc consiga somar ao estoque atual. Espero ter ajudado