Marcelo, algumas consideraçoes:
Digamos que a Contabilidade já havia fechado a Escrita Fiscal do mês e apurado os impostos, realmente a nota de entrada que voce mencionou reabriria a escrituraçao, dessa forma, teria que apurar novamente os impostos (ICMS por exemplo, se essa nota é de fora do Estado e tem diferencial de alíquotas devido).
No entanto, nao existe data de validade para nota fiscal. Ainda mais com esse período que voce informou.
Converse com a Contabilidade e peça a eles a base legal para essa recusa, pois se voce já assinou o canhoto e a mercadoria já está em seu poder, não há no que se falar em recusa.
Enfim, fale com eles e pergunte o porque disso, onde está na Legislaçao esse prazo etc. E argumente o fato de não poder se recusar algo que já foi recebido.
Eles com certeza lhe darão uma resposta.