Pagamento ISS de diferentes municipios

Boa tarde,
1º) Estou adquirindo um novo cliente, representante comercial/empresa estabelecido em Itapecerica da Serra com alíquota de ISS 2,0%. A empresa que ele representa é em São Paulo alíquota 5% com ramo de fabricação de material plastico,artigos p/ bebe, e o contador da representada era o mesmo do representante comercial. Sempre que o representante comercial recebia sua comissão já haviam descontado 5% de ISS e sem entregá-lo nenhum comprovante de pagamento.
Hoje, adquiri o programa da Prefeitura de Itapecerica da Serra de ISS eletrônico e Declaração eletrônica, ja emiti a guia de nov/2011 com alíquota de 2%, a nota fiscal ainda é manual. Agora, o que está certo e/ ou errado?

Grata

Ola Rosemeire

na representação comercial o imposto é devido no municipio onde a empresa esta estabelecida nunca no tomador (no caso Itapecerica da Serra esta correto)

vale lembrar que a representação tem retenção de IRRF 1,5% cod 8045 do DARF.