Amiga,
Esses casos acontecem pois nesta mesma operação que foi efetuada, aconteceram 2 fatos distintos.
Como um exemplo, utilizarei um item que vc mandou para conserto.
Na mesma operação incide a "Circulação do Bem" (fato gerador do icms - estadual) e também a prestação de um serviço "Conserto", que está sujeito ao Imposto sobre Serviços - ISSQN - Municipal. Obs: Nesta operação há a isenção do ICMS.
Há empresas que como você mesmo disse, para esse caso emitiria 1 nota fiscal para acompanhamento do item após consertado (retorno ao proprietário) e uma nota fiscal de serviços, cobrando pelo serviço executado.
Há também outras empresas que emitem apenas 1 nota fical (conjugada), contendo o retorno do item sob o CFOP 5.916 que é retorno de item consertado, e também discriminam o serviço sob o CFOP 5.933.
Descrição CFOP 5.933
Prestação de serviço tributado pelo ISSQN - Classificam-se neste código as prestações de serviços, de competência municipal, desde que informados em documentos autorizados pelo Estado.
Vale acrescentar que para a nota fiscal conjugada que contenha o CFOP 5.933, você deve a escrituração da mesma junto à prefeitura de acordo com as regras do municipio.
Um abraço.