Tributação café torrado e moido

Olá,

Tenho uma empresa que trabalha com café torrado e moido que se encontra enquadrada no simples nacional, o que acontece é que essa empresa é industria e comércio, ela compra do produtor rural e manda por remessa de mercadoria com o CFOP 5924 (remessa para industrialização por conta do adquirente), após o processo de industrialização eles me mandam a mercadoria de volta com o CFOP 5925 (retorno de mercadoria recebida para industrialização) e uma outra nota com o CFOP 5125 (mercadoria recebida que não transita pelo estabelecimento do adquirente). Com o retorno dessa mercadoria o adquirente vai distribuir nos mercados, ou seja, não para o consumidor final, ele repassa essa mercadoria com ICMS ST, o problema real é o seguinte, por conta dele pagar o ICMS ST encima da distribuição dessa mercadoria, na hora de eu calcular o imposto pelo simples nacional, eu coloco no simples como "Venda de mercadoria industrializada pelo contribuinte, exceto para o exterior" "Com substituição tributária", na tela seguinte, eu coloco o ICMS por Substituição tributária, fazendo isso, no extrato do simples nacional, o ICMS aparece zerado, eu queria saber se essa empresa tem que pagar o ICMS encima da industrialização e também o ICMS ST encima da distribuição desta mercadoria, ou se apenas paga o ICMS ST. Gostaria de saber quem paga o que nesse caso. Obrigado.!