Amigo,
Não sei se eu entendí muito bem a sua dúvida.
No caso do Simples Nacional, a contrapartida pela praticidade e até os "benefícios fiscais" que ele proporciona ao seu optante é essa ai mesmo que está acontecendo com você.
O vendedor optante do simples nacional gera direito de crédito de icms com alíquotas realmente baixas (alíquotas constam na tabela do simples e são de acordo com o faturamento), sendo a alíquota mais alta 3,95% para quem fatura "De 3.420.000,01 a 3.600.000,00".
Em um exemplo prático supondo que sua empresa tenha um faturamento que a enquadre nessa alíquota mais alta de 3,95%:
Valor do produto comercializado: 1000,00
Crédito gerado de ICMS (3,95%): 39,50
Valor Líquido do Produto p/ o cliente: 960,50
Agora vejamos uma empresa não optante pelo simples, dentro do estado de SP e que comercialize o mesmo produto ao mesmo valor:
Valor do produto comercializado: 1000,00
Crédito gerado de ICMS (18% alíquota interna): 180,00
Valor Líquido do Produto p/ o cliente: 820,00
Veja que o seu produto estará saindo mais caro para o seu cliente.
Vale lembrar que só conversamos a respeito de ICMS. Essa diferença aumenta ainda mais se considerado os demais tributos envolvidos na operação.
Pode ter certeza que em algumas negociações você concerteza escutará reclamações com relação a isso.
Espero ter ajudado e qualquer erro fiquem a vontade para me corrigir.
Um abraço.