Rita, boa tarde.
Como o Marcelo bem ponderou, estando a escrituração com irregularidades, o ideal e imprescindível é que o contribuinte acompanhe o trabalho da fiscalização antes que seja lavrado o auto de infração, onde depois de emitido, nada mais terá a fazer, a não ser pagá-lo ou impetrar recurso.
Essas ponderações por parte do contribuintes são importatíssimas, já que o valor de um imposto poderá ser caracterizado apenas como multa, que goza do benefício de redução.
Portanto, não espere o auto de infração chegar às mãos do seu cliente, procure antecipar e ponderar pontos de vista contundentes, pois R$ 100,00 poderão ao final, representar bem menos que isso.
Sobre o benefício da espontaneidade, veja o que retrata o Código Tributário Nacional - CTN:
Art. 138. A responsabilidade é excluída pela denúncia espontânea da infração, acompanhada, se for o caso, do pagamento do tributo devido e dos juros de mora, ou do depósito da importância arbitrada pela autoridade administrativa, quando o montante do tributo dependa de apuração.
Parágrafo único. Não se considera espontânea a denúncia apresentada após o início de qualquer procedimento administrativo ou medida de fiscalização, relacionados com a infração.
Dessa forma, tendo iniciado a ação fiscal, não há o que se falar em espontaneidade, o que só vêm a reforçar o empenho do "contribuinte" em acompanhar o trabalho da fiscalização, pois mesmo não tendo obrigação, pode ser que esta conceda alguma benevolência ao seu cliente.
Boa sorte.
Hugo