Boa tarde Gilmar.
A instrução que recebi do posto fiscal da região nas operações internas sobre essa situação é a seguinte:
A sua nota fiscal de devolução ao substituto tributario deve ser escriturada normalmente , lançando o icms da operação propria, no livro registro de saidas.
Por voce não ter creditado o icms na entrada conforme orienta o artigo 278, voce pode se creditar do valor do imposto relativo à operação própria da nota fiscal da entrada da mercadoria ora devolvida, lançando no Livro de Apuração do ICMS no quadro "Crédito do Imposto Outros Créditos" e informar "Crédito relativo à operação própria do substituto" referente nota fiscal nº data....
Dessa forma voce anula o icms da presente devolução.
Base legal :
Artigo 271 - O ressarcimento do valor do imposto retido ou da parcela do imposto retido, previsto no inciso IV do artigo 269 não impedirá o aproveitamento do crédito pelo contribuinte substituído, quando admitido, do imposto incidente sobre a operação de saída promovida pelo sujeito passivo por substituição, mediante lançamento no livro Registro de Apuração do ICMS, no quadro "Crédito do Imposto - Outros Créditos", com a expressão "Crédito Relativo à Operação Própria do Substituto" (Lei 6.374/89, art. 36, com alteração da Lei 9.359/96, art. 2º, I)
Visite sua repartição fiscal e veja se orientam tambem nesse sentido ok.
Abraços.