Diego, boa tarde.
Observado o disposto no artigo 13 da LC 123/06, entendo que será devido o diferencial de alíquotas pelo adquirente optante pelo Simples Nacional. O cálculo obedecerá a regra geral. Neste caso a alíquota interestadual aplicável nas saídas do Estado da BA com destino a SP será de 12% e, considerando que a mercadoria seja tributada a 18% no Estado de São Paulo, cabe ao adquirente recolher a diferença dos 6%.
Lei Complementar 123/06
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Art. 13
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§ 1º O recolhimento na forma deste artigo não exclui a incidência dos seguintes impostos ou contribuições, devidos na qualidade de contribuinte ou responsável, em relação aos quais será observada a legislação aplicável às demais pessoas jurídicas:
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XIII - ICMS devido:
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h) nas aquisições em outros Estados e no Distrito Federal de bens ou mercadorias, não sujeitas ao regime de antecipação do recolhimento do imposto, relativo à diferença entre a alíquota interna e a interestadual;
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§ 5º A diferença entre a alíquota interna e a interestadual de que tratam as alíneas g e h do inciso XIII do § 1º deste artigo será calculada tomando-se por base as alíquotas aplicáveis às pessoas jurídicas não optantes pelo Simples Nacional.