Sped Transportadora e emissão CT-e

Uma empresa agroindustrial (Aurora), por possuir regime especial no estado, emite o seu conhecimento modelo 8 a cada prestação de serviço contratado.Pergunto:com a obrigatoriedade da transportadora contratada ao sped, poderá a mesma continuar a emitir os contra fretes mensais para compor seus registros fiscais de saídas? Na emissão do CT-e da mesma, o que constar nos campos nº da nota fiscal e valor da mercadoria, haja visto que o validador não aceita estes campos sem informações? Obrigado