Rodrigo, boa tarde!
Provavelemente o DANFE que você tem impresso, não deve conter as informações do protocolo de autorização de uso, nesse caso, significa que a Nota Fiscal realmente não foi autorizada pela SEFAZ, no entanto, você também não deve utilizar o emissor disponibilizado pela SEFAZ, pois este não libera a impressão da Nota Fiscal sem a sua autorização.
Mas, vamos ao seu caso, primeiramente de quando é a Nota Fiscal?
O que inicialmente você poderá fazer, é tentar transmitir a Nota Fiscal novamente (peço que solicite ao suporte de seu sistema auxílio caso não saiba como fazer), porém, se já foram decorridos algum tempo, você não conseguirá autorizar tal nota. Nesse caso, a SEFAZ não reconhecerá que a numeração foi utilizada, então o procedimento correto, será a inutilização dessa numeração (informar à SEFAZ que houve quebra na numeração), porém, nesse caso, deverá ser emitida outra Nota Fiscal em substituição à Nota Fiscal sem autorização, pois esta não tem valor fiscal, comunicando à seu cliente o ocorrido e a enviando a Nota Fiscal em substituição.
Caso seja realmente necessária a inutilização da numeração, novamente peço que entre em contato com o suporte técnico do seu sistema para que verifiquem a questão.
Se fosse pelo emissor da SEFAZ, eu até te orientaria, mas pelos sistemas próprios, infelizmente não vou saber te informar.
Espero ter ajudado.
Att.
Adriano