Prezada colega Vera,
Nesse caso, ao meu modo de ver, não existe imposto recolhido a maior, pois veja o que diz o Art. 3º da LC 116/2003:
Art. 3o O serviço considera-se prestado e o imposto devido no local do estabelecimento prestador ou, na falta do estabelecimento, no local do domicílio do prestador, exceto nas hipóteses previstas nos incisos I a XXII, quando o imposto será devido no local:
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III – da execução da obra, no caso dos serviços descritos no subitem 7.02 e 7.19 da lista anexa
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Portanto, entende-se nesse caso que o ISS deverá ser recolhido para o Município onde o serviço está sendo executado, vale lembrar, que cada munícipio estipula a alíquota de ISS para cada serviço, exceto se a empresa for optante pelo Simples Nacional, onde a retenção de ISS deve seguir: Lei Complementar nº 123/2006, art. 21
Então, o ISS será recolhido para o munícipio onde a obra está sendo executada, então, não há imposto recolhido a maior, o que deve ser feito, é consultar as alíquotas desse serviço em cada município em que se está prestando a obra, para que a alíquota e valores da retenção, sejam informados corretamente no corpo da Nota Fiscal.
Para informação ao seu município, deve se informar na prefeitura de sua cidade, pois com certeza há algum lugar onde informar que o imposto de determinada Nota foi retido pelo Tomador.
Espero ter ajudado.
Att.
Adriano