Boa noite Thiago!
O correto é tributar o ISS sobre o valor cobrado pela mão de obra, porém deve-se verificar perante à fiscalização de rendas, pois, para que possa descontar o material da B/C do ISS, os documentos de entradas deste material poderão ser solicitados, e podem ou não ser aceitos pela fiscalização, correndo o risco de lançarem o valor do ISS sobre o total da nota fiscal.
Digo isto pois passo sempre por este procedimento, antes da emissão da nota fiscal, apresento para o fiscal de tributos as notas fiscais de aquisição de material e o mesmo confere se consta nos dados adicionais os dados da obra, e efetua um carimbo com a assinatura do fiscal na nota fiscal demonstrando o valor das entradas.
Att,
Gislene