Boa tarde Hugo Ribeiro,
Estou em busca da mesma informação para meu estado.
Se não me engana, e as informações que recebo dos assessores tributaristas é que o ICMS é por obrigação devido pela contratante (transportadora), e no caso é uma substituição tributária para a contratada (subcontratação de frete). A subcontratada emite o CT-e (no caso aqui no MT), para fins de comprovar a receita e informa que o ICMS é substituição e deve ser recolhido pela contratante.
Obrigado pelas informações.
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Adicionado posteriormente:
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Dados extraídos do RICMS/MT
Art. 289 Observadas as demais normas complementares relativas ao regime de substituição tributária, estabelecidas em ato normativo baixada pela Secretaria de Estado de Fazenda, o imposto será arrecadado e pago:
IV – pela empresa transportadora contratante, devidamente inscrita neste Estado, na hipótese de subcontratação de prestação de serviço de transporte de carga;