Caro Sr. Luis, bom dia!
Insta ressaltar que o pagamento do ISSQN deve ser creditado ao município de onde o serviço esta sendo prestado, observados as hipóteses de incidência conforme legislação municipal.
O destaque o ISSQN se faz necessário sempre que houver a incidência, não significando que ha fora recolhido pelo prestador do serviço. Se o serviço estiver sendo prestado no seu domicílio e este houver a incidência do ISSQN, o sujeito ativo da obrigação de recolher é do tomador do serviço, logo, se o prestador estiver recolhendo, é importantes que exija o DAM e respectivo comprovante de pagamento.
Na hipotese em que seja a prestadora de serviço, a regra é a mesma. Se tiver prestando o serviço em seu domicílio e este tem previsão legal de incidência, precisas recolher.
No que pese a contabilização, no 1° caso, se o seu prestador for o responsável pelo recolhimento bem como recolher por você na condição de "substituto", logo, o mesmo deve ser creditado integralmente sobre o Valor Total da Fatura não sendo, em regra, necessário contabilização em conta contábil específica do ISSQN.
No 2° caso, ao recolher o imposto, contabilizará em conta específica do ISSQN.
Espero ter esclarecido e havendo dúvidas, volte a questionar, ok?