Leo,
Pelo o que entendi da sua dúvida, é no lançamento da nota do produto acabado?
Trabalhei em Usina de Etanol e lá o processo seguia da seguinte forma: No final da produção, era emitido uma nota de Outras Entradas. na CFOP 1949 com a quantidade de Etanol produzido para que alimentasse meu estoque de Etanol.
Então, você dará entrada nas notas fiscais das matérias-primas, e fará a emissão da nota fiscal de Entrada (Outras Entradas). O seu ECF deverá estar vinculado com o seu saldo de estoque gerado pelas notas de entradas emitidas no final do dia da sua produção descritas acima.
Para isso, você terá ter no seu sistema o cadastro dos itens acabados, e na gestão do estoque, a cada nota emitida é alimentado o estoque, e a cada Cupom Fiscal é feito a baixa do seu estoque. Lembrando, que seu estoque deverá ter um controle paralelo para qualquer fiscalização, na Usina chamava-se LPD, Livro de Produção Diária. Eu fazia esse controle em planilha de Excel mesmo.
Espero ter ajudado.
Att.,