Valter,
Se entendi sua pergunta, a empresa comprou uma mercadoria de outro estado e recolheu o icms antecipado, é isso? se sim, segue a legislação abaixo.
Artigo 426-A - Na entrada no território deste Estado de mercadoria indicada no § 1°, procedente de outra unidade da Federação, o contribuinte paulista que conste como destinatário no documento fiscal relativo à operação deverá efetuar antecipadamente o recolhimento (Lei 6.374/89, art. 2°, § 3°-A): (Redação dada ao artigo pelo Decreto 52.742, de 22-02-2008; DOE 23-02-2008; Efeitos a partir de 01-02-2008)
I - do imposto devido pela própria operação de saída da mercadoria;
II - em sendo o caso, do imposto devido pelas operações subseqüentes, na condição de sujeito passivo por substituição.
§ 1° - O disposto neste artigo aplica-se às mercadorias sujeitas ao regime jurídico da substituição tributária referidas nos artigos 313-A a 313-Z20, exceto se o remetente da mercadoria tiver efetuado a retenção antecipada do imposto, na condição de sujeito passivo por substituição, conforme previsto na legislação. (Redação dada ao parágrafo pelo Decreto 54.338, de 15-05-2009; DOE 16-05-2009; Efeitos a partir de 01-06-2009)
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Fonte: Art. 426-A do RICMS/2000
Portanto, o imposto é devido na entrada da mercadoria no território paulista, independente se a mesma foi devolvida ou não. O fato gerador do imposto é a entrada da mercadoria, sendo assim será devido este icms.
Att.
Adalberto