Evelyn, boa tarde.
Acredito que independente do fornecedor possuir ISO ou não, um problema que foi gerado por ele não pode passar a ser do Cliente.
No caso de receber quantidade maior do que especificado na nota, realmente eles deverão mandar outra nota acobertando o produto da diferença. Envolve não apenas destaque de imposto, como também o valor do produto que não terá boleto pela sua falta.
Se tratando de recebimento de produtos diferentes (nota x físico), verifica se você pode emitir uma nota de devolução nominal ao fornecedor do item destacado na nota, e posteriormente ele emitir uma nota apenas com o produto correto.
Gostaria de dizer mais uma vez, que o problema do fornecedor não pode se tornar um problema para o Cliente. Se possível, instrua no recebimento da mercadoria para que os produtos sejam conferidos. Caso erro desse tipo seja detectado, informe diretamente seu fornecedor que só assinará o canhoto do recebimento quando eles fizerem a devida correção.
"Respostas em caráter de orientação, não produzem os efeitos da consulta formal junto ao órgão competente."
Israel Ferreira
Contador
Campos de Sousa Assessoria Contabil