Bom Dia Carla.
A Lei Complemtar 116 que é a lei do ISS prescreve que:
A retenção do ISS cape ao municipio onde o serviço foi prestado.
Se sua empresa é de São Paulo e o Serviço foi prestado no Rio de Janeiro, o ISS cabe ao Rio de Janeiro.
Onde o ISS será retido lá e se você presta serviços constamente para esse cliente te aconselho a se cadastrar no CEPOM do RJ.(Cadastro de Prestadores de Serviços de Outros Municiopios)
Mas se a sua empresa está em São Paulo e presta serviços pra uma empresa do Rio de Janeiro com Filial em SP.
O ISS caberá a São Paulo, e não é necessario fazer cadastro na Prefeitura do Rio.
Pois o ISS deve ser cobrado no local oriundo da prestação do serviço.
Espero ter ajudado.
Muito Obrigado.