Olá Daniel !
A questão não é uma simples falta de escrituração, mas sim o que isso significa para o Fisco e a empresa.
Simplesmente isso significa que a empresa adquiriu mercadorias e não registrou a entrada das mesmas, e ao se fazer levantamento do Inventário, se as mesmas não estiverem no depósito da empresa, significa que a empresa comercializou e cabe a empresa provar que emitiu notas destas mercadorias e pagou os impostos correspondentes.
Depois que a empresa foi autuada, não se pode mais fazer retificação de livros, cabe somente atender a autuação através de recursos que nem sempre podem ser bem sucedidos, pois neste caso não há como provar em contrário.
O que pode ser feito é efetuar o recolhimento da multa e verificar se nos períodos posteriores que ainda não foram fiscalizados também possuem irregularidades e fazer a correção antes de ser fiscalizado novamente.
O Fisco pode efetuar fiscalização dos últimos 5 anos, portanto, se houve algum período que ainda não foi fiscalizado aí sim pode se fazer retificação e ajuste correto antes da fiscalização.
Veja no que se baseou o Auto:
RICMS 2000 - Atualizado até o Decreto 58.002, de 24-04-2012
TÍTULO III - DAS DISPOSIÇÕES PENAIS
CAPÍTULO I - DAS INFRAÇÕES E DAS PENALIDADES
Artigo 527 - O descumprimento da obrigação principal ou das obrigações acessórias, instituídas pela legislação do Imposto sobre Circulação de Mercadorias e sobre Prestações de Serviços, fica sujeito às seguintes penalidades (Lei 6.374/89, art. 85, com alteração da Lei 9.399/96, art. 1°, IX, da Lei 10.619/00, arts. 1º, XXVII a XXIX, 2°, VIII a XIII, e 3º, III e da Lei 13.918/09, art.11, XIII e art. 12, XVIII): (Redação dada ao "caput" do artigo, mantidos seus incisos, pelo Decreto 55.437, de 17-02-2010; DOE 18-02-2010; Efeitos a partir de 23-12-2009)
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V - infrações relativas a livros fiscais, contábeis e registros magnéticos: (Redação dada ao "caput" do inciso pelo Decreto 55.437, de 17-02-2010; DOE 18-02-2010; Efeitos a partir de 23-12-2009)
V - infrações relativas a livros fiscais e registros magnéticos:
a) falta de escrituração de documento relativo à entrada de mercadoria no estabelecimento ou à aquisição de sua propriedade ou, ainda, ao recebimento de serviço, quando já escrituradas as operações ou prestações do período a que se referirem - multa equivalente a 10% (dez por cento) do valor da operação ou prestação constante no documento;
b) falta de escrituração de documento relativo à entrada de mercadoria, à aquisição de sua propriedade ou à utilização de serviço praticada por estabelecimento enquadrado no regime de estimativa ou por estabelecimento enquadrado em regime tributário simplificado atribuído à microempresa ou empresa de pequeno porte, com o objetivo de ocultar o seu movimento real, quando já escrituradas as operações ou prestações do período a que se referirem - multa equivalente a 50% (cinqüenta por cento) do valor da operação ou prestação constante no documento;
c) falta de escrituração de documento relativo à saída de mercadoria ou à prestação de serviço, em operação ou prestação não sujeita ao pagamento do imposto - multa equivalente a 5% (cinco por cento) do valor da operação ou prestação constante no documento; ou a 20% (vinte por cento) desse valor se a mercadoria ou o serviço sujeitar-se ao pagamento do imposto em operação ou prestação posterior;
d) falta de registro de documento fiscal em meio magnético quando já registradas as operações ou prestações do período - multa equivalente a 10% (dez por cento) do valor da operação ou prestação constante no documento;
e) falta de elaboração de documento auxiliar de escrituração fiscal ou sua não-exibição ao fisco - multa equivalente a 1% (um por cento) do valor das operações ou prestações que nele devam constar;
f) adulteração, vício ou falsificação de livro fiscal - multa equivalente a 100% (cem por cento) do valor da operação ou prestação a que se referir a irregularidade;
Fonte: info.fazenda.sp.gov.br
