Emitir 2 NFEs para uma só venda

Olá, em nossa empresa fizemos uma venda por licitação onde quem vai pagar é um orgão (Embrapa) que fica no estado do Piauí, mas quem vai receber a mercadoria é outro orgão com outro CNPJ e em outro estado (UFSC - Santa Catarina), nossa empresa é também de Santa Catarina.

O próprio orgão recomendou emitir uma nota para faturamento e outra de simples remessa para acompanhar a mercadoria.

Minhas dúvidas são: quais os CFOPs envolvidos? tenho que gerar duas nfes e as duas tem que ter o valor da mercadoria? no caso teria que gerar 2 pedidos no ERP, considerando que são 2 clientes, mas enviar um tipo de nota para cada um?

Obrigado!