Autuação

Boa noite, gostaria de saber sobre um laudo pericial:
quando um fiscal autua a empresa porque ela comunicou no sintegra informações diferentes do pagamento do icms, ou seja pagou a menor do que informou no faturamento e por seguinte o icms. porque ela alega que as notas fiscais tinham o código de remessa para industrialização que não incidem icms. o que o fiscal e a empresa deve fazer.