Multa - Mercadoria desacompanhada de NF

Olá, a empresa para qual trabalho no Estado de SP, presta serviço de montagem de equipamento e treinamento (CNAE 85.99-6-04) e é optante do SIMPLES. Comprou algumas mercadorias e ferramentas para montar um implemento no Estado do Mato Grosso. As mercadorias estavam com nota fiscal de compra em nome da minha empresa e tínhamos nota fiscal do serviço a ser prestado na empresa em MT. Ocorre que a empresa foi autuada e recebeu multa de 50% do valor das mercadorias pelo artigo 45, III, "a", da Lei 7098/98 (Mercadoria desacompanhada de documento fiscal), além da incidência de ICMS.
Pergunta: Sendo optante do SIMPLES, poderia ter incidido o ICMS? Porque ocorreu a multa se as NFs de compra estavam junto com a mercadoria? Qual o meio para ser restituído desses valores pagos (uma vez que tivemos que pagar para liberação da mercadoria)?
Desde já agradeço a atenção dos meus nobres colegas.

Marcelo,

Se estiver no prazo, vc pode impugnar esse AIIM (Auto de Infração).

Verifique.

http://legislacaotributaria.blogspot.com

O problema é esse, a empresa pagou a multa para poder liberar a mercadoria, tendo em vista a necessidade de atender rapidamente o cliente... agora, creio que só judicialmente msm...