Falta de Mercadoria

Boa Tarde a todos.
Tenho um problema que esta ocorrendo com certa frequência.
Fornecedor me manda uma NF com 200 itens diferentes, e eventualmente fala um desses itens, e eis que surge a duvida.
Não posso fazer devolução, pois vou devolver o que ja que o iten não existe, a não ser no papel, ai fomos instruídos a dar entrada na nota normalmente com os 200 itens e essa empresa me manda essa mercadoria sempre depois de um mês em media.
Em um treinamento que tive recentemente o instrutor comentou a respeito de um AVISO DE IRREGULARIDADE FISCAL, onde eu recalculo toda a nota, descontando o item faltante e dou entrada normalmente.
Isso é legal, alguém ja ouviu falar nisso?
Aguardo.

bom dia wilson,no meu caso se vier faltando material o meu almoxarife me comunica sobre o ocorrido passo a infromação para o setor de suprimentos,caso o fornecedor não mande o material que faltou eu dou entrada na nota fiscal e logo depois faço a devolução do itens que não vieram.

Julgo eu ser o correto, mas como disse acima, vc estará devolvendo uma mercadoria que não existe, a não ser no papel, e pode ter problemas futuros e essa é a alegação de meu fornecedor...