Olá Guto, boa tarde!
No primeiro caso, o que tem que verificar se mesmo a mercadoria isenta nas saídas permite tomar o crédito do ICMS, temos o exemplo da carne aqui no Estado de São Paulo que está isenta nas vendas internas mas o artigo 144 do Anexo I - Isenções, permite o crédito através do Parágrafo ùnico, veja:
“Artigo 144 (CARNE) - A saída interna de carne e demais produtos comestíveis frescos, resfriados, congelados, salgados, secos ou temperados, resultantes do abate de aves, leporídeos e gado bovino, bufalino, caprino, ovino e suíno (Convênio ICMS-89/05, cláusula segunda e artigo 112 da Lei 6.374/89).
Parágrafo único - Não se exigirá o estorno do crédito do imposto correspondente à entrada de gado bovino ou suíno em pé, relacionada à isenção prevista neste artigo.” (NR).
Existem mais particularidades neste caso que citei, pois o Frigorífico tem que estornar o valor equivalente às saídas internas mensalmente.
Guto, só citei este exemplo para ilustrar, é um caso a parte, mas o fato do ICMS não ser cumulativo, e se paga pela apuração das entradase saídas, e quando está previsto Isenção nas saídas geralmente não se pode tomar o crédito nas entradas, à não ser que para aquele produto específico o regulamento permita a tomada de crédito.
No segundo caso, se for compra de Mercadoria para Revenda ou matéria prima, a empresa só perde de não poder tomar crédito pois o fato de estar Isento no Estado de origem tira o direito do crédito.
Por outro lado se esta mercadoria for utilizado para Material de Consumo ou Aquisição do Ativo Imobilizado, tem que recolher o Diferencial de Alíquota.
Abraços