Boa tarde,
Se o Cliente devolveu deveria ter emitido a NF de devolução na epoca, então, entendo que não é o caso de emitir uma outra nota fiscal.
sendo que: no caso de Recusa o emitente da NF-e irá emitir uma NF-e de entrada para receber a mercadoria devolvida.
Quanto ao prazo, depende muito do acordo comercial, já que o O Código de Defesa do Consumidor estabelece prazos para reclamar, quando há algum defeito por exemplo;
30 (trinta) dias para produtos não-duráveis;
90 (noventa) dias para produtos duráveis.
assim sendo no seu caso sugiro a consultar a legislação estadual.
Mas em geral, conforme coloquei é o destinatário da mercadoria que emite uma NF ou NF-e de devolução dos itens específicos para o emitente original.
att..
Cianorte - PR - "Capital do Vestuário"
"O entendido sabe tudo, o sábio apenas o essencial"