Olá Inês boa tarde!!!
Existe duas situações para esse caso:
1ª - Se a empresa destinatária for consumidor final, então a empresa remetente terá que pagar o Diferencial de Alíquotas por Substituição Tributária.
OU
2ª - Se a empresa destinatária for revender a mercadoria que ela adquiriu de seu cliente, então entendo que fará da seguinte forma:
Você vai precisar mencionar nos campos Base de cálculo do icms ST e Valor do ICMS ST da nota fiscal os cálculos que terá que fazer.
Logo abaixo apresento um exemplo:
Supomos que a empresa emite uma nota fiscal no valor de R$ 1.000,00
R$ 1.000,00 x 12% = 120,00
R$ 1.000,00 + 77,18% (IVA já ajustado) = R$ 1.771,80 x 18% = R$ 318,92 - R$ 120,00 = R$ 198,92
Então na nota vc colocaria na base ST R$ 1.771,80 e no Valor ICMS ST R$ 198,92
Lembrando que esse R$ 198,92 terá que ser somado no valor total da nota.O CFOP que vc utilizará será o 6.403 e CST será a 201.
Feito isso, a empresa emitente terá que recolher uma GNRE com o valor da substituição tributária.
Espero ter ajudado!!!