Carlos,
Como disse antes, o programa Giss Online está preparado para reter o ISS caso o contribuinte seja substituto tributário, no entanto meses atrás o programa exigia que assinalasse se o ISS devia ser retido ou não, mesmo assim quando do encerramento do mês o programa só reteria o ISS se fosse substituto tributário, hoje o programa não exige mais isso, porém se for contribuinte substiuto tributário automaticamente haverá a retenção do ISS. Acesse o site da Sefin Fortaleza e no ítem cartão do ISS verifique se é substituto tributário, pois no cartão do ISS consta se é.
A próposito, referente as notas fiscais que menciona, foi serviço prestado ou serviço tomado?