Adriana, boa tarde.
Quando a operação é interestadual o ICMS ST somente é pago e destacado na NF quando há convênio ou protocolo firmado entre os estados. No caso de São Paulo você pode verificar no link abaixo:
info.fazenda.sp.gov.br
Como não veio destacado na NF e não veio com guia de GNRE recolhida, você terá que efetuar o recolhimento e ao lançar a NF no livro de Entrada, não escriturar o crédito de ICMS e lançar o valor pg da GNRE no campo observações.
Artigo 426-A - Na entrada no território deste Estado de mercadoria indicada no § 1°, procedente de outra unidade da Federação, o contribuinte paulista que conste como destinatário no documento fiscal relativo à operação deverá efetuar antecipadamente o recolhimento (Lei 6.374/89, art. 2°, § 3°-A): (Redação dada ao artigo pelo Decreto 52.742, de 22-02-2008; DOE 23-02-2008; Efeitos a partir de 01-02-2008)
I - do imposto devido pela própria operação de saída da mercadoria;
II - em sendo o caso, do imposto devido pelas operações subseqüentes, na condição de sujeito passivo por substituição.
§ 1° - O disposto neste artigo aplica-se às mercadorias sujeitas ao regime jurídico da substituição tributária referidas nos artigos 313-A a 313-Z20, exceto se o remetente da mercadoria tiver efetuado a retenção antecipada do imposto, na condição de sujeito passivo por substituição, conforme previsto na legislação. (Redação dada ao parágrafo pelo Decreto 54.338, de 15-05-2009; DOE 16-05-2009; Efeitos a partir de 01-06-2009)