Transportadora que presta serviços unica empresa

Estou abrindo uma Transportadora para um cliente e esta prestará serviços de transportes inicialmente apenas para outra empresa deste cliente. Minha dúvida é a seguinte a empresa contratante sai com o caminhão carregado sem clientes específicos, ou seja, vende a pronta entrega, Pergunto Como emito CTRC? quem paga o frete é a empresa e não o cliente, emiti um CTRC e levei ao PF e a informação foi que estava errado, pois destaquei o Remetente e o destinatário a mesma empresa.

Olha acho que o mais facil ai é trabalhar com nota fiscal de serviço, o fisco municipal não vai brigar com vc.