Diferença de Alíquota para ICMS ST

Prezados, boa tarde!
Estou vendendo para o estado de São Paulo um produto que vai ser utilizado para uso e consumo e existe protocolo de ICMS entre Minas e SP.
Para o calculo da diferença de alíquota com frete o programa do estado calcula da seguinte maneira:
Exemplo: Produto 500,00 frete 50,00
ICMS Próprio 500*12%=60 / 550+18%=99 valor da diferença:39,00
Ja a minha consultoria diz que não, que seria 550*6%=33,00, ou seja a soma do produto com o frete menos a diferença.
A dúvida é, qual o calculo correto uma vez que o programa da SEF não soma o frete no ICMS próprio?
Espero ter sido clara.
Obrigada.

Quando recebemos uma nf. de outro estado com a GNRE recolhida (produto aqui em SP é ST) , não recolhemos a Gare Diferencial de Alíquota, ok ? mas isso é valido para todos os casos ? Quer dizer, veio com GNRE não faço gare de diferencial ?

Obrigada e bom trabalho a todos.